Eric Banel a occupé plusieurs postes en services déconcentrés, notamment à Boulogne-sur-Mer et à La Réunion, puis en administration centrale, au ministère des transports et au ministère de l'écologie.

Co-rapporteur du groupe de travail sur la politique maritime de la France en 2006, il a également été le conseiller maritime de plusieurs ministres, de Dominique Bussereau à Nathalie Kosciusko-Morizet.