Affecté ensuite à l’Etat-major des armées, il a la charge de la modernisation des réseaux et de la création des capacités de combat Cyber de 2008 à 2011. En 2011, il prend le commandement des capacités de cyberdéfense pour les faire monter en puissance, tout en exerçant le commandement des opérations Cyber notamment face au terrorisme. Pendant les six ans de son commandement jusqu’en 2017, les forces de cyberdéfense sont passées de quelques dizaines d’individus à plus de 3000 cybers combattants avec l’environnement et l’écosystème nécessaire (formation, recrutement, entrainement, pôle excellence, création d’unités, mise en place des processus de conduite d’opérations cyber, création de l’état-major cyber…) En 2017, il est chargé de la transformation numérique du ministère des Armées et la réforme de la gouvernance SIC. Il crée alors la direction générale du numérique et des systèmes d’information et de communication (DGNUM) du ministère, compétente aussi en matière de gouvernance des données, de compétences RH, d’IT de confiance et de bascule vers la conduite de projets en mode agile. En septembre 2020, il quitte le service actif après presque 40 années au service de l’Etat. Il est « Cyber & Digital Senior Advisor » auprès de plusieurs grandes sociétés et PME françaises ; il est advisor auprès de l’institut de recherche IFG/Geode (Paris 8), du Comité International de la Croix Rouge (CICR) pour l’application au numérique du droit des conflits armés, et auprès du centre d’excellence Cyber OTAN de Tallinn. Il intervient régulièrement dans les masters cyber de l’IFG et de l’Académie militaire de Saint-Cyr Coëtquidan. Il est aujourd'hui Président du Pôle d'Excellence Cyber à Rennes. Né à Toulon le 3 novembre 1960, Arnaud Coustillière est commandeur de la Légion d’honneur, commandeur de l’ordre national du Mérite, et commandeur de l’ordre de la Croix de l’Aigle de la république d’Estonie au titre de la coopération en matière de cyberdéfense.